U odnosu na optužeog Slavka Perića djelimično se uvažava žalba branioca optuženog, te se presuda preinačava u pogledu primjene krivičnog zakona na način da se djelo za koje je optuženi Slavko Perić oglašen krivim pravno kvalifikuje kao krivično djelo genocid iz člana 141. Krivičnog zakona Socijalističke Federativne Republike Jugoslavije (KZ SFRJ) koji je preuzet na osnovu Zakona o primjeni Krivičnog zakona Republike Bosne i Hercegovine i KZ SFRJ, u vezi sa članom 24. (pomaganje) istog zakona, te u pogledu odluke o kazni na način da se optuženi za navedeno krivično djelo osuđuje na kaznu zatvora u trajanju od 11 godina.
Žalba Tužilaštva BiH koja se odnosi na optuženog Slavka Perića odbija se kao neosnovana.
Prvostepenom presudom optuženi Momir Pelemiš i Slavko Perić osuđeni su na kaznu zatvora u trajanju od 16 godina za Pelemiša, odnosno 19 godina za Perića, zbog počinjenja krivičnog djela genocid iz člana 171. tačka a) i b) Krivičnog zakona Bosne i Hercegovine (KZ BiH), u vezi sa članom 180. stav 1. istog zakona.
Optuženi Pelemiš i Perić prvostepenom presudom oglašeni su krivim što su, za vrijeme široko rasprostranjenog i sistematičnog napada, preduzetog u periodu od 10. jula do 01. novembra 1995. godine od strane pripadnika Vojske Republike Srpske (VRS) i MUP-a RS, na zaštićenu zonu UN-a Srebrenica svjesno pružili pomoć članovima udruženog zločinačkog pothvata koji su djelovali sa ciljem zatvaranja i ubijanja po kratkom postupku vojno sposobnih zarobljenika Bošnjaka iz Srebrenice i na taj načinih unište kao grupu. Optuženi Momir Pelemiš je postupao u svojstvu zamjenika komandanta 1. bataljona 1. Zvorničke pješadijske brigade (1. bataljon), a u periodu od 09. do 21. jula 1995. godine u svojstvu vršioca dužnosti komandanta 1. bataljona, dok je optuženi Slavko Perić, u periodu od 14. do 17. jula 1995. godine, postupao u svojstvu pomoćnika komandanta za bezbjednost i obavještajne poslove 1. bataljona. Pripadnici 1. bataljona pod komandom Momira Pelemiša i neposrednim nadzorom Slavka Perića, zajedno sa nepoznatim pripadnicima VRS-a čuvali su stražu u Školi “Kula” u Pilici i Domu kulture u Pilici u kojima su bili zatvoreni zarobljenici iz Srebrenice koji su kasnije pogubljeni na ekonomiji Branjevo, odnosno u zgradi Doma kulture. Nije utvrđeno da su pripadnici 1. bataljona učestvovali neposredno u ubistvima zarobljenika, ali na ovaj način doprinijeli su njihovom zatočenju, što je bilo nužan korak u sveukupnoj operaciji ubistva. Pored toga oni su izvršiocima pružili praktičnu pomoć obezbijedivši ljudstvo, te mašine i gorivo za utovar i odvoz radi ukopa ubijenih. Svojim radnjama optuženi su pružili pomoć izvršiocima koji su djelovali sa namjerom uništenja i istrebljenja nacionalne, etničke i vjerske grupe ljudi, a za čiju namjeru i cilj su optuženi znali.
Protiv navedene presude žalbu je izjavilo Tužilaštvo BiH zbog odluke o krivično-pravnim sankcijama, sa prijedlogom da vijeće Apelacionog odjeljenja potvrdi činjenične i pravne nalaze prvostepenog vijeća, preinači kaznu zatvora izrečenu protiv Slavka Perića i izrekne mu kaznu zatvora u trajanju od 45 godina, preinači kaznu zatvora izrečenu protiv optuženog Momira Pelemiša i izrekne mu kaznu zatvora u trajanju od 30 godina, te produži pritvor obojici optuženih.
Branilac prvooptuženog Momira Pelemiša je podnio žalbu zbog bitnih povreda odredbi krivičnog postupka, pogrešno i nepotpuno utvrđenog činjeničnog stanja, povrede Krivičnog zakona i odluke o krivičnopravnoj sankciji, sa prijedlogom da vijeće Apelacionog odjeljenja Suda BiH žalbu uvaži, prvostepenu presudu preinači, te optuženog Momira Pelemiša oslobodi optužbe i ukine mu mjeru pritvora ili da Apelaciono vijeće uvaži žalbu i rješenjem ukine prvostepenu presudu, te odredi održavanje pretresa pred Apelacionim vijećem i optuženom Momiru Pelemišu ukine mjeru pritvora.
Branilac drugooptuženog Slavka Perića je podnio žalbu zbog bitne povrede odredaba krivičnog postupka, povrede krivičnog zakona, pogrešno i nepotpuno utvrđenog činjeničnog stanja i odluke o krivičnopravnoj sankciji, sa prijedlogom da vijeće Apelacionog odjeljenja Suda BiH žalbu uvaži, prvostepenu presudu ukine i održi ponovni pretres, a potom optuženog Slavka Perića oslobodi krivične odgovornosti za počinjenje krivičnog djela genocid iz člana 171. stav 1. tačke a) i b) KZ BiH ili da prvostepenu presudu preinači i Slavka Perića blaže kazni.
Apelaciono vijeće je održalo javnu sjednicu dana, 18. oktobra 2012. godine, na kojoj su tužilac i odbrana izložili svoje žalbe i odgovore na žalbe, te istakli da u cjelosti ostaju kod iznesenih razloga i prijedloga iz žalbi, te predložili da Sud odbije žalbu suprotne strane, nakon čega je Apelaciono vijeće ispitalo pobijanu presudu u granicama istaknutih žalbenih prigovora i razloga, te donijelo drugostepenu odluku.
