Sud Bosne i Hercegovine potvrdio je dana, 18.septembra 2014. godine optužnicu u predmetu Gligor Begović koja optuženog tereti za krivično djelo ratni zločin protiv ratnih zatočenika i ratni zločin protiv civilnog stanovništva.
U optužnici se navodi da su za vrijeme rata u Bosni i Hercegovini, tokom oružanog sukoba između Vojske Republike Srpske i Armije BiH, u zatočeničkom centru „Batković“ na teritoriji općine Bijeljina, civili i ratni zatočenici bošnjačke nacionalnosti držani u nehumanim uslovima, podvrgavani ubistvima, namjernom nanošenju velikih patnji i povreda tjelesnoga integriteta i zdravlja. U optužnici se navodi da je optuženi Gligor Begović, kao pripadnik Vojske Republike Srpske, postupao suprotno pravilima međunarodnoga humanitarnoga prava kršeći odredbe člana 3. stav 1. tačka a) i c) Ženevske konvencije o zaštiti građana od 12.08.1949 i člana 3. stav 1. tačka a) i c) Ženevske konvencije o postupanju sa ratnim zatočenicima od 12.08.1949. godine.