Optuženi Gligor Begović je oglašen krivim što je za vrijeme rata u Bosni i Hercegovini, u vrijeme oružanog sukoba između Vojske Republike Srpske i Armije BiH u zatvoreničkom centru „Batković“ na teritoriji općine Bijeljina, gdje su bili zatvoreni civili bošnjačke nacionalnosti, držani u nehumanim uslovima, podrvgnuti ubistvima, namjernom nanošenju velikih patnji i povreda tjelesnog integriteta i zdravlja, kao pripadnik Vojske Republike Srpske, postupao suprotno pravilima međunarodnog humanitarnog prava kršeći odredbe člana 3.stav.1.tačka a) i c) Ženevske konvencije o zaštiti građanskih osoba od 12.8.1949. godine.
Istom presudom optuženi Gligor Begović je oslobođen optužbe da je radnjama opisanim u tačkama 9., 11., 14. i 17. izmijenjene optužnice počinio krivično djelo ratni zločin protiv ratnih zarobljenika iz člana 144. KZSFRJ, radnjama pod tačkom 20. i 22. izmijenjene optužnice počinio krivično djelo ratni zločin protiv civilnog stanovništva iz člana 142. KZ SFRJ i radnjom iz tačke 7. izmijenjene optužnice krivično djelo ratni zločin protiv civilnog stanovništva iz člana 142. KZ SFRJ u vezi s članom 22. istog zakona.
Takođe, presudom je odbijena optužba da je optuženi Gligor Begović radnjama opisanim u tačkama 1 i 1a) dispozitiva optužnice počinio krivično djelo ratni zločin protiv ratnih zarobljenika iz člana 144. KZSFRJ, a radnjama opisanim pod tačkom 23., krivično djelo ratni zločin protiv civilnog stanovništva iz člana 142. KZ SFRJ.