U optužnici se navodi da se u periodu od početka maja 1992. godine, pa najmanje do septembra 1992. godine, u okviru širokog i sistematičnog napada koji su provodile vojska, policija, teritorijalna odbrana, naoružane grupe ljudi i paravojne formacije Srpskih snaga Srpske Republike Bosne i Hercegovine, kasnije Vojske Republike Srpske, na civilno nesrpsko stanovništvo na području općine Bosanski Novi, dešavao oružani napad na civilna naselja Donje Agiće, Gornje Agiće, Crnu Rijeku, Suhaču, Hoziće, Blagaj, Aliće, Ekiće i druga naselja u dolini Japre, Urije, kao i druga naselja nastanjena muslimanskim stanovništvom u navedenoj općini. Prilikom tog napada, navodi se u optužnici, uništavani su civilni objekti, civilno stanovništvo nesrpske nacionalnosti ubijano i istjerano iz svojih domova koji su zapaljeni i pljačkani, muškarci su odvođeni i zatvarani na stadion „Mlakve“ i Vatrogasni dom u Bosanskom Novom, a preko 4.000 civila je teretnim vozom premješteno u pravcu Doboja. Progon je nastavljen tako što je s područja Bosanskog Novog protjerano najmanje 13.000 civila nesrpske nacionalnosti. U optužnici se navodi da je optuženi Željko Novaković, kao pripadnik srpskih oružanih snaga, znajući za navedeni napad, svjestan da njihove radnje predstavljaju dio tog napada, učestvovao u progonu civilnog nesrpskog stanovništva općine Bosanski Novi na etničkoj i vjerskoj osnovi i to: ubistvima, prisilnim preseljenjem stanovništva, mučenjem i drugim nečovječnim djelima slične prirode učinjene u namjeri i nanošenjem velike patnje.