Суд је оптужницу потврдио 26. новембра 2015. године. 

На рочишту за изјашњење о кривици пред Одјелом I за ратне злочине Суда БиХ у предмету Мато Баотић, дана 28. децембра 2015. године, оптужени Мато Баотић изјаснио се да није крив.

Претресно вијеће у саставу: Мира Смајловић, Зоран Божић, Медиха Пашић.

Главни претрес отворен је 16. фебруара 2016. године.

Вијеће Одјела I за ратне злочине Суда БиХ је у предмету Мато Баотић, након одржаног главног претреса, дана 9. децембра 2016. године, изрекло првостепену пресуду којом је оптужени Мато Баотић оглашен кривим да је радњама у тачкама 1. и 4. б) и ц) осуђујућег дијела изреке пресуде починио кривично дјело ратни злочин против цивилног становништва из члана 142. став 1. у вези са чланом 22. Кривичног закона Социјалистичке Федеративне Републике Југославије, који је преузет на основу Закона о примјени Кривичног закона Републике Босне и Херцеговине и Кривичног закона СФРЈ, те да је радњама у тачкама 2, 3. и 4. а) изреке пресуде починио кривично дјело ратни злочин против цивилног становништва из члана 142. став 1. КЗСФРЈ. Суд му је изрекао казну затвора у трајању од десет (10) година.

Оптужени Мато Баотић ослобођен је оптужбе да је радњама у тачкама 1, 2, 3. и 5. ослобађајућег дијела изреке пресуде починио кривично дјело ратни злочин против цивилног становништва из члана 142. став 1. у вези са чланом 22. КЗСФРЈ, односно радњама у тачки 4. кривично дјело ратни злочин против ратних заробљеника из члана 144. КЗСФРЈ.

Вијеће Апелационог одјељења у саставу: Милош Бабић, Мирза Јусуфовић, Медџида Кресо.

Сједница вијећа Апелационог одјељења одржана је 13. априла 2017. године.

Вијеће Одјела I за ратне злочине Апелационог одјељења Суда БиХ отпремило је, дана 19. маја 2017. године, другостепену пресуду, од 14. априла 2017. године, у предмету Мато Баотић којом су одбијене у цијелости, као неосноване, жалбе бранитељке оптуженог Мате Баотића и оптуженог лично изјављене на осуђујући дио пресуде Суда БиХ од 9. децембра 2016. године, као и жалба Тужилаштва БиХ изјављена на тачку 5. ослобађајућег дијела исте пресуде и одлуку о казни, те је првостепена пресуда у том дијелу потврђена. Жалба Тужилаштва је уважена у односу на тачке 1, 2, 3. и 4. ослобађајућег дијела првостепене пресуде, те је пресуда у том дијелу укинута и одређено је одржавање претреса пред вијећем Апелационог одјељења Суда БиХ.

Сједница вијећа Апелационог одјељења одржана је 3. новембра 2017. године 

Вијеће Апелационог одјељења у саставу: Мирза Јусуфовић, Милош Бабић, Тихомир Лукес.

Вијеће Одјела I за ратне злочине Апелационог одјељења Суда БиХ отпремило је, дана 7. децембра 2017. године, другостепену пресуду у предмету Мато Баотић од 3. новембра 2017. године, којом је оптужени Мато Баотић оглашен кривим да је радњама у тачкама 1, 2, и 3. осуђујућег дијела изреке пресуде (односно 4. и 5.а и 6. прецизиране оптужнице), починио кривично дјело ратни злочин против цивилног становништва из члана 142. став 1. у вези са чланом 22. Кривичног закона Социјалистичке Федеративне Републике Југославије, који је преузет на основу Закона о примјени Кривичног закона Републике Босне и Херцеговине и Кривичног закона СФРЈ. Суд је оптуженом Мати Баотићу изрекао казну затвора у трајању од шест (6) година.

Суд је узимајући као утврђену раније изречену казну затвора у трајању од десет (10) година за почињено кривично дјело ратни злочин против цивилног становништва из члана 142. став 1. у вези са чланом 22. Кривичног закона Социјалистичке Федеративне Републике Југославије, који је преузет на основу Закона о примјени Кривичног закона Републике Босне и Херцеговине и Кривичног закона СФРЈ, по пресуди Суда БиХ од 9. децембра 2016. године, потврђеној у осуђујућем дијелу пресудом вијећа Апелационог одјељења од 14. априла 2017. године, оптуженог Мату Баотића осудио на јединствену казну затвора у трајању од тринаест (13) година.

Оптужени Мато Баотић ослобођен је оптужбе да је радњом у тачки 1. ослобађајућег дијела изреке пресуде (односно тачка 7. оптужнице) починио кривично дјело ратни злочин против ратних заробљеника из члана 144. КЗСФРЈ.