У предмету Неђо Самарџић, за сутра 25. октобар 2006. године, заказана је статусна конференција пред Апелационим вијећем Одјела I за ратне злочине Суда БиХ. Статусна конференција одржаће се у судници број 4, са почетком у 10.00 часова.

Апелационо вијеће је, 29. септембра 2006. године, донијело одлуку по жалбама странака у овом предмету, којом је уважило жалбе Тужилаштва БиХ и браниоца оптуженог, те укинуло првостепену пресуду од 07. априла 2006. године. Истом одлуком одређено је одржавање претреса пред Апелационим вијећем. У рјешењу Апелационог вијећа наводи се да су жалбе уважене имајући у виду утврђене битне повреде одредаба кривичног поступка и недостатке који се односе на погрешно утврђено чињенично стање.  

Првостепеном пресудом Неђо Самарџић оглашен је кривим за кривично дјело злочина против човјечности и осуђен на јединствену казну затвора у трајању од 13 година и четири мјесеца.