Pred vijećem Odjela I za ratne zločine Suda Bosne i Hercegovine (BiH), 21. aprila 2006. godine, otvoren je glavni pretres u predmetu Janković Gojko.

Predmet Janković Gojko drugi je predmet koji je Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju ustupio Sudu BiH.  Optuženi je prebačen u Bosnu i Hercegovinu 8. decembra 2005. godine. 

Jankovića optužnica tereti za krivično djelo zločina protiv čovječnosti iz člana 172. Krivičnog zakona BiH. Prema optužnici, Gojko Janković je u periodu između aprila 1992. godine i februara 1993. godine, kao vođa paravojne grupe (djelujući u koordinaciji sa Fočanskom brigadom Vojske Srpske Republike) učestvovao u širokom i sistematičnom napadu na nesrpsko stanovništvo na području općine Foča, te u njihovom zarobljavanju, ubijanju i seksualnom zlostavljanju.