Vijeće Apelacionog odjeljenja Odjela I za ratne zločine Suda Bosne i Hercegovine donijelo je odluku po žalbama stranaka u predmetu Neđo Samardžić, 29. septembra 2006. godine, kojom se uvažavaju žalbe Tužilaštva BiH i branioca optuženog, te se ukida prvostepena presuda od 07. aprila 2006. godine u osuđujućem i oslobađajućem dijelu. Istom odlukom određeno je održavanje pretresa pred vijećem Apelacionog odjeljenja Odjela I za ratne zločine Suda BiH.

U rješenju Apelacionog vijeća stoji da su žalbe uvažene imajući u vidu utvrđene bitne povrede odredaba krivičnog postupka i nedostatke koji se odnose na pogrešno utvrđeno činjenično stanje.  

Prvostepenom presudom, Neđo Samardžić je oglašen krivim za krivično djelo zločina protiv čovječnosti i to za:

• dvije tačke za zatvaranje ili drugo teško oduzimanje fizičke slobode suprotno osnovnim pravilima međunarodnog prava i
• dvije tačke za prisiljavanje druge osobe na seksualni odnos ili s njim izjednačenu seksualnu radnju (silovanje) i pomaganje u držanju žena u seksualnom ropstvu.

Prvostepeno vijeće je ukinutom presudom utvrdilo kaznu zatvora u trajanju od 12 godina, te uzimajući u obzir neizdržani dio ranije izrečene kazne zatvora iz 1990. godine, osudilo optuženog na jedinstvenu kaznu zatvora u trajanju od 13 godina i četiri mjeseca.

Ukinutom prvostepenom presudom optuženi je također oslobođen po 6 tačaka za krivično djelo zločina protiv čovječnosti, dok je u odnosu na 4 tačke donesena presuda kojom je optužba odbijena, nakon što je Tužilaštvo BiH na glavnom pretresu od njih odustalo.