Vijeće Apelacionog odjeljenja Odjela I za ratne zločine Suda Bosne i Hercegovine donijelo je odluku po žalbama stranaka u predmetu Neđo Samardžić, 29. rujna 2006. godine, kojom se uvažavaju žalbe Tužiteljstva BiH i branitelja optuženog, te se ukida prvostupanjska presuda od 07. travnja 2006. godine u osuđujućem i oslobađajućem dijelu. Istom odlukom određeno je održavanje pretresa pred vijećem Apelacionog odjeljenja Odjela I za ratne zločine Suda BiH.

U rješenju Apelacionog vijeća stoji da su žalbe uvažene imajući u vidu utvrđene bitne povrede odredaba kaznenog postupka i nedostatke koji se odnose na pogrešno utvrđeno činjenično stanje.  

Prvostupanjskom presudom, Neđo Samardžić je oglašen krivim za kazneno djelo zločina protiv čovječnosti i to za:

• dvije točke za zatvaranje ili drugo teško oduzimanje fizičke slobode suprotno osnovnim pravilima međunarodnog prava i
• dvije točke za prisiljavanje druge osobe na seksualni odnos ili s njim izjednačenu seksualnu radnju (silovanje) i pomaganje u držanju žena u seksualnom ropstvu.

Prvostupanjsko vijeće je ukinutom presudom utvrdilo kaznu zatvora u trajanju od 12 godina, te uzimajući u obzir neizdržani dio ranije izrečene kazne zatvora iz 1990. godine, osudilo optuženog na jedinstvenu kaznu zatvora u trajanju od 13 godina i četiri mjeseca.

Ukinutom prvostupanjskom presudom optuženi je također oslobođen po 6 točaka za kazneno djelo zločina protiv čovječnosti, dok je u odnosu na 4 točke donesena presuda kojom je optužba odbijena, nakon što je Tužiteljstvo BiH na glavnom pretresu od njih odustalo.