Sud BiH donio je rješenje, 04. novembra 2006. godine, kojim se određuje pritvor prema osumnjičenom Šefiku Aliću u trajanju od mjesec dana. Pritvor, prema ovom rješenju, može trajati najduže do 02. decembra 2006. godine. Ovaj predmet se vodi pred Odjelom I za ratne zločine.

U prijedlogu za određivanje pritvora Tužilaštvo BiH navodi da postoji osnovana sumnja da je osumnjičeni počinio krivično djelo ratnog zločina protiv ratnih zarobljenika tako što, kao pomoćnik komadanta za bezbjednost bataljona „Hamza,“ nije preduzeo sve opravdane i potrebne mjere radi sprječavanja podređenih da ubiju četiri zarobljena pripadnika Vojske Republike Srpske, niti je preduzeo bilo kakve mjere da učinilac tog djela bude kažnjen. Prema navodima Tužilaštva, osumnjičeni je bio lično prisutan prilikom zarobljavanja i ispitivanja ovih osoba.   

Sud smatra da, na osnovu podnesenog dokaznog materijala, postoji osnovana sumnja da je osumnjičeni počinio krivično djelo ratnog zločina protiv ratnih zarobljenika. Uz ovo Sud je odredio pritvor na osnovu člana 132. stav 1. tačka b) Zakona o krivičnom postupku BiH, cijeneći da prezentirani dokazi ukazuju na postojanje opasnosti da bi osumnjičeni sa slobode uticao na tok krivičnog postupka.