Суд БиХ донио је рјешење, 04. новембра 2006. године, којим се одређује притвор према осумњиченом Шефику Алићу у трајању од мјесец дана. Притвор, према овом рјешењу, може трајати најдуже до 02. децембра 2006. године. Овај предмет се води пред Одјелом I за ратне злочине.

У приједлогу за одређивање притвора Тужилаштво БиХ наводи да постоји основана сумња да је осумњичени починио кривично дјело ратног злочина против ратних заробљеника тако што, као помоћник комаданта за безбједност батаљона „Хамза,“ није предузео све оправдане и потребне мјере ради спрјечавања подређених да убију четири заробљена припадника Војске Републике Српске, нити је предузео било какве мјере да учинилац тог дјела буде кажњен. Према наводима Тужилаштва, осумњичени је био лично присутан приликом заробљавања и испитивања ових особа.   

Суд сматра да, на основу поднесеног доказног материјала, постоји основана сумња да је осумњичени починио кривично дјело ратног злочина против ратних заробљеника. Уз ово Суд је одредио притвор на основу члана 132. став 1. тачка б) Закона о кривичном поступку БиХ, цијенећи да презентовани докази указују на постојање опасности да би осумњичени са слободе утицао на ток кривичног поступка.