Optužnica navodi da je Šefik Alić, u svojstvu pomoćnika komadanta bataljona „Hamza“ za bezbjednost koji je djelovao u sklopu 5. korpusa Armije BiH, za vrijeme oružanog sukoba na teritoriji BiH i Republike Hrvatske, postupao suprotno odredbama Ženevske konvencije. Optuženi je, prema navodima optužnice, između ostalog, učestvovao u fizičkom i psihičkom zlostavljanju ratnih zarobljenika, podstrekavao njihova ubistva, te propuštao da poduzme mjere da kazni počinitelje.
Prema navodima optužnice, optuženi je 5. augusta 1995. godine, zajedno sa ostalim pripadnicima bataljona „Hamze“, učestvovao u vojnoj operaciji zvanoj „Oluja“ tokom koje su zarobljena četiri pripadnika Vojske Srpske Krajine na teritoriji Republike Hrvatske. Optuženi je, navodno, po zarobljavanju preuzeo nadzor nad zarobljenicima. Kako se navodi, on je učestvovao u fizičkom i psihičkom zlostavljanju ovih osoba koje su, prema navodima optužnice, likvidirane od strane vojnika nad kojim je optuženi imao efektivnu kontrolu.
Optužnica dalje navodi da je nakon ubistva zarobljenika optuženi propustio da o tome izvijesti svoje nadređene ili poduzme bilo kakvu radnju kako bi se počinioci ispitali i kaznili.
