Prema navodima Tužilaštva Karajić je, u periodu od augusta 1994. godine do februara 1995. godine, kao komandant voda Vojne policije u okviru Petog korpusa Armije BiH, učestvovao u oružanom sukobu između Petog korpusa i Narodne odbrane Autonomne pokrajine Zapadna Bosna na širem području Bihaća. Tužilaštvo navodi da je osumnjičeni naredio i počinio, između ostalog, lišenje života i nečovječno postupanje prema ratnim zarobljenicima i civilnim osobama.
Sud smatra da, na osnovu podnesenog dokaznog materijala, postoji osnovana sumnja da je osumnjičeni počinio krivična djela za koja je osumnjičen. Uz ovo, Sud je odredio pritvor cijeneći da prezentirani dokazi ukazuju na postojanje opasnosti da bi osumnjičeni sa slobode mogao ometati tok krivičnog postupka uticajem na svjedoke i saučesnike. Osumnjičenom je pritvor, također, određen zbog sigurnosti građana i imovine.
