Prema navodima optužnice Kujundžić je, u periodu od proljeća 1992. do jeseni 1993. godine, postupajući kao komandant jedinice „Predini vukovi“, u sklopu napada vojske i policije tzv. Srpske republike BiH, te paravojnih formacija, usmjerenog na nesrpsko stanovništvo općine Doboj, izvršio, podsticao i pomagao ubistva, prisiljavanje na seksualno ropstvo, silovanje, teško oduzimanje fizičke slobode, progon nesrpskog civilnog stanovništva, kao i druga nečovječna djela.

U optužnici se,takođe, navodi da optuženi Predrag Kujundžić iako je znao, nije spriječio ove radnje koje su činile njemu podređene osobe, niti je kaznio izvršioce. U optužnici se, između ostalog, navodi da je dana 12. juna 1992. godine, komandujući jedinicom „Predini vukovi“ optuženi Predrag Kujundžić okupirao selo Čivčije Bukovačke, minirao seosku džamiju, opljačkao i zapalio nekoliko kuća, te naredio da se svi muškarci bošnjačke nacionalnosti okupe ispred mjesnog doma. Nakon što su muškarci okupljeni, njih oko 160, optuženi Predrag Kujundžić i njemu podređeni pripadnici njegove jedinice su ih, navodno, nekoliko sati fizički i psihički maltretirali. Poslije toga, svi muškarci su odvedeni u logor „Perčin disko“ koji se nalazi u mjestu Vila, općina Doboj, gdje su držani u neuslovnim prostorijama gdje su ih svakodnevno zlostavljale razne grupa vojnika koji su slobodno ulazili u logor.