Apelaciono vijeće Odjela II za organizirani kriminal, privredni kriminal i korupciju Suda BiH je 2. juna 2008. godine, postupajući po izmijenjenoj optužnici Tužilaštva BiH u predmetu Dragan Čović i drugi, izreklo presudu kojom se odbija optužba da je optuženi Dragan Čović počinio krivično djelo zloupotreba položaja ili ovlasti iz člana 358. stav 3. Krivičnog zakona Federacije BiH, zbog nenadležnosti Suda BiH. U odnosu na optužene Jozu Ivankovića Lijanovića, Jerku Ivankovića Lijanovića, Slavu Ivankovića Lijanovića i Mladena Ivankovića Lijanovića Sud je, također, odbio optužbu da su optuženi počinili krivična djela organizirani kriminal, zloupotreba položaja ili ovlasti, krivotvorenje isprava, porezna utaja i zloupotreba ovlasti u privredi, zbog odustajanja Tužilaštva od optužbe. Istovremeno, Sud je donio rješenje kojim se optuženom Draganu Čoviću ukida mjera jemstva određena rješenjem Suda BiH od 14. decembra 2006. godine.

Presudom sudećeg vijeća od 17. novembra 2006. godine Dragan Čović je oglašen krivim za krivično djelo zloupotrebe položaja ili ovlasti i osuđen na kaznu zatvora u trajanju od pet godina.  Sudeće vijeće je prvostepenom presudom oslobodilo Dragana Čovića, Jozu Ivankovića Lijanovića, Slavu Ivankovića Lijanovića, Mladena Ivankovića Lijanovića, Jerku Ivankovića Lijanovića, Matu Tadića i Zdravka Lučića optužbi da su počinili ostala krivična djela sadržana u optužnici.  S obzirom da Tužilaštvo nije uložilo žalbe u odnosu na optužene Matu Tadića i Zdravka Lučića, oslobađajuća presuda sudećeg vijeća u odnosu na njih je postala pravosnažna.

Apelaciono vijeće Odjela II za organizirani kriminal, privredni kriminal i korupciju Suda BiH je 11. septembra 2007. godine donijelo odluku po žalbama na presudu sudećeg vijeća, kojom je uvažilo žalbe Tužilaštva BiH i branioca prvooptuženog Dragana Čovića, te ukinulo tu presudu. Istom odlukom određeno je ponavljanje postupka pred Apelacionim vijećem.