Sud Bosne i Hercegovine izrekao je 6. novembra 2008. godine prvostepenu presudu u predmetu Zdravko Božić i drugi, kojom je Mladen Blagojević oglašen krivim za krivično djelo zločin protiv čovječnosti.

Kako se navodi u presudi Mladen Blagojević je kriv što je kao dio sistematskog napada Vojske i Policije Republike Srpske, usmjerenog protiv civilnog bošnjačkog stanovništva, na području zaštićene zone UN- enklava Srebrenica, u periodu od 11. do 18. jula 1995.godine, znajući za takav napad, kao pripadnik voda Vojne policije Bratunačke lake pješadijske brigade, vršio progon civilnog bošnjačkog stanovništva na političkoj, nacionalnoj, etničkoj, kulturnoj i vjerskoj osnovi, sa namjerom  nanošenja  ozbiljnih  fizičkih  povreda. Time je, kako stoji u izreci presude, počinio krivično djelo zločin protiv čovječnosti, te ga je Sud osudio na kaznu zatvora u trajanju od 7 godina. Optuženom se u izrečenu kaznu uračunava vrijeme provedeno u pritvoru  počev od 17. novembra 2006. godine, pa nadalje.

Ostali optuženi Zdravko Božić, Zoran Živanović i Željko Zarić oslobođeni su svih tačaka optužnice koja ih je teretila za krivično djelo zločin protiv čovječnosti. S tim u vezi Sud BiH je donio rješenje o ukidanju pritvora pa su Zdravko Božić, Zoran Živanović i Željko Zarić pušteni na slobodu.