Vijeće Apelacionog odjeljenja, nakon održane sjednice, donijelo je drugostepenu presudu kojom je djelimično uvažilo žalbe Tužilaštva BiH, odbrane i optuženog Nikačevića, te je prvostepena presuda od 19. februara 2009. godine preinačena na način da je optuženi Nikačević Miodrag oslobođen optužbe da je tokom širokog i sistematičnog napada srpskih vojnih, paravojnih i policijskih snaga usmjerenog protiv civilnog bošnjačkog stanovništva općine Foča, znajući za takav napad dana, 2. augusta 1992. godine pomogao u nezakonitom zatvaranju K.R., koji je kasnije lišen života, čime bi počinio krivično djelo zločini protiv čovječnosti iz člana 172. stav 1. tačka e) Krivičnog zakona BiH (KZ BiH), u vezi sa članom 31. KZ BiH i u vezi sa članom 180. stav 1. KZ BiH, te u odluci o krivično-pravnoj sankciji, na način da je optuženi za krivično djelo zločini protiv čovječnosti, iz člana 172. stav 1. tačka g) (silovanje) KZ BiH, za koje je prvostepenom presudom oglašen krivim, osuđen na kaznu zatvora u trajanju od 10 godina.

U  ostalom dijelu prvostepena presuda je ostala neizmijenjena.

Vijeće Apelacionog odjeljenja je, također, donijelo i odluku kojom je optuženom određen pritvor, koji može trajati do upućivanja na izdržavanje kazne zatvora, odnosno do isteka trajanja izrečene kazne.

Sud BiH izrekao je 19. februara 2009. godine prvostepenu presudu  kojom je optuženi Nikačević oglašen krivim za krivično djelo zločini protiv čovječnosti i osuđen na kaznu zatvora u trajanju od osam godina.