Šefik Alić oglašen je krivim što je 5. augusta 1995. godine, u svojstvu pomoćnika komandanta za bezbjednost bataljona „Hamza“, 505. brigade 5. korpusa Armije BiH, čije su dužnosti i odgovornosti obuhvatale ispitivanje zarobljenika, pružanje zaštite i obezbjeđenje njihovog sigurnog prolaska do Komande brigade, postupao suprotno pravilima međunarodnog prava tako što je zajedno sa Al Harbi Tewfikom, neregularnim vojnikom, tokom vojne operacije „Oluja“, u kojoj su pripadnici bataljona „Hamza“ zarobili četiri pripadnika Vojske Srpske Krajine, lično učestvovao u fizičkom i psihičkom zlostavljanju ratnih zarobljenika, te učestvovao u lišenju njihovih života, na način da je bio obavezan zaštititi ih, a on je to propustio, što uključuje propust da spriječi Al Harbi Tewfik-a da ima dalji kontakt sa zarobljenicima, bez obzira što je bio svjestan realne opasnosti i rizika koji je Al Harbi Tewfik predstavljao po zarobljene.
Prvostepenom presudom od 11. aprila 2008. godine sudeće vijeće je oslobodilo Šefika Alića optužbi da je počinio navedeno krivično djelo.
Protiv navedene presude žalbu je blagovremeno izjavio tužilac Tužilaštva BiH sa prijedlogom da apelaciono vijeće prvostepenu presudu ukine i odredi održavanje pretresa pred vijećem Apelacionog odjeljenja. Žalba Tužilaštva BiH je uvažena, presuda Suda BiH od 23. marta 2009. godine je ukinuta, te je određeno održavanje pretresa pred apelacionim vijećem.
Apelaciono vijeće našlo je da je žalba Tužilaštva BiH utemeljena, da je prvostepeno vijeće pogrešno i nepotpuno utvrdilo činjenično stanje, te da pobijana presuda sadrži pogrešne zaključke o odlučnim činjenicama, što je rezultiralo i pogrešnom primjenom materijalnog prava od strane prvostepenog vijeća.
U ponovljenom pretresu apelaciono vijeće je preslušalo audio snimke svjedočenja svjedoka Tužilaštva BiH i odbrane koja su svjedoci dali u prvostepenom postupku, te prihvatilo sve izvedene materijalne dokaze.
