Prvostepena presuda je preinačena na način da se optuženi Ratko Bundalo i Neđo Zeljaja oglašavaju krivim da su počinili krivično djelo zločini protiv čovječnosti progonom iz člana 172. stav 1. tačka h), u vezi sa članom 29. Krivičnog zakona BiH (KZ BiH). Ratko Bundalo je osuđen na 22 godine dugotrajnog zatvora, a Neđo Zeljaja na kaznu zatvora u trajanju od 15 godina.
Optuženi Bundalo i Zeljaja oslobođeni su optužbe da su počinili određene radnje za koje se u optužnici terete, iz razloga što djelo za koje se optužuju nije zakonom propisano kao krivično djelo, odnosno što nije dokazano da su optuženi počinili radnje za koje se terete. Pored toga, u odnosu na optuženog Zeljaju, zbog prekoračenja optužbe, odbija se optužba da je počinio određene radnje navedene u optužnici.
U odnosu na optuženog Đorđislava Aškrabu prvostepena presuda se ukida u dijelu kojim je optuženi oslobođen po tački 3. izreke prvostepene presude i u tom dijelu određuje održavanje pretresa pred vijećem Apelacionog odjeljenja Suda BiH. U ostalom dijelu prvostepena presuda ostaje neizmijenjena.
Prvostepenom presudom optuženi Ratko Bundalo i Neđo Zeljaja oglašeni su krivim za krivično djelo zločini protiv čovječnosti iz člana 172. stav 1. tačka h) u vezi sa tačkama a), d), e), g), i) i k) KZ BiH, u vezi sa članom 173. stav 1. tačka e) i f) KZ BiH i u vezi sa članom 175. stav 1. tačka b), a sve u vezi sa članom 180. stav 1. KZ BiH. Optuženi Ratko Bundalo je osuđen na zatvorsku kaznu u trajanju od 19 godina, dok je optuženi Neđo Zeljaja osuđen na kaznu zatvora u trajanju od 15 godina. Optuženi Đorđislav Aškraba je oslobođen svih tačaka optužnice.