Optuženi Enes Handžić je oglašen krivim što je tokom rata u Bosni i Hercegovini, u vrijeme oružanog sukoba u Bugojnu između Hrvatskog vijeća obrane (HVO) sa jedne strane i Armije Republike Bosne i Hercegovine (ARBiH) sa druge strane, u periodu od 18. jula 1993. godine do kraja oktobra mjeseca 1993. godine, nakon što su pripadnici HVO položili oružje i predali se pripadnicima Armije RBiH, u svojstvu pomoćnika komandanta za bezbjednost 307. brigade Armije RBiH koji je nad vojnim policajcima imao efektivnu kontrolu i kao vojni starješina Armije RBiH bio je ovlašten od strane Ratnog predsjedništva općine Bugojno, komandanta 307. brigade i komandanta Operativne grupe „Zapad“, učestvovao u prisiljavanju zatočenika na prinudni rad na način što je u skladu sa ovlaštenjem, koje je dobio od svojih pretpostavljenih, odobrio odvođenje zatočenika na prinudne radove, gdje su zatočenici bili životno ugroženi i gdje su mnogi mučeni, a neki i ubijeni. Dalje, optuženi Handžić je, iako je bio ovlašten, propustio da poduzme nužne i razumne mjere da spriječi ubistva i mučenja zatočenika koja su počinjena od strane njemu podređenih pripadnika Vojne policije i drugih pripadnika Armije RBiH odnosno da počinitelje kazni, iako je znao za činjenje navedenih krivičnih djela, i propustio da provede adekvatne istrage zbog počinjenja tih djela i podnese krivičnu prijavu nadležnom Okružnom vojnom Tužilaštvu u Travniku.
Optuženi Enes Handžić je prilikom pregovaranja o krivnji dao korisne informacije Tužilaštvu BiH u odnosu na mjesta gdje su zatočenici likvidirani, kao i o osobama koje su učestvovale u ratnim dešavanjima u Bugojnu.