Apelaciono vijeće je zaključilo da je prvostepeni sud u odnosu na optuženog Jašarevića načinio apsolutno bitne povrede odredaba krivičnog postupka, kršenjem prava na odbranu i prava na pravično suđenje garantirano odredbom člana 6. Evropske konvencije o ljudskim pravima (EKLJP), kao i povredu postupka propisanu odredbom člana 297. stav 1. tačka h) Zakona o krivičnom postupku BiH zbog čega je prvostepena presuda u odnosu na optuženog Jašarevića ukinuta i određeno održavanje pretresa pred vijećem Apelacionog odjeljenja.
Apelaciono vijeće je održalo javnu sjednicu dana, 21. maja 2013. godine, na kojoj su tužilac i odbrana izložili navode iz žalbe i odgovora na žalbu, te istakli da u cjelosti ostaju kod iznesenih razloga i prijedloga, nakon čega je Apelaciono vijeće ispitalo pobijanu presudu u granicama istaknutih žalbenih prigovora i razloga, te donijelo drugostepenu odluku.
Tužilaštvo Bosne i Hercegovine uložilo je žalbu na prvostepenu presudu zbog bitne povrede krivičnog postupka, pogrešno i nepotpuno utvrđenog činjeničnog stanja i odluke o krivičnopravnoj sankciji sa prijedlogom da Apelaciono vijeće preinači pobijanu presudu.
Branilac optuženog Jašarevića uložio je žalbu zbog bitnih povreda odredaba krivičnog postupka, pogrešno i nepotpuno utvrđenog činjeničnog stanja, povrede Krivičnog zakona i odluke o krivičnopravnoj sankciji, sa prijedlogom da Apelaciono vijeće ukine prvostepenu presudu i odredi održavanje pretresa pred Apelacionim vijećem.
Prvostepenom presudom od 06. decembra 2012.godine optuženi Mevlid Jašarević oglašen je krivim da je počinio krivično djelo terorizam iz člana 201. stav 1. u vezi sa stavom 5. tačka a) i d) Krivičnog zakona BiH (KZ BiH), te mu je izrečena kazna zatvora u trajanju od 18 godina. Od optuženog su trajno oduzeti predmeti upotrijebljeni za izvršenje krivičnog djela. Istom presudom, optuženi Emrah Fojnica i Munib Ahmetspahić su oslobođeni optužbe da su počinili krivična djela organiziranje terorističke grupe iz člana 202d. stav 2. KZ BiH u vezi sa krivičnim djelom terorizam iz člana 201. stav 4. Krivičnog zakona BiH, iz razloga što nije dokazano da su optuženi učinili krivično djelo za koje se optužuju. Optuženi Fojnica i Ahmetspahić su bili optuženi da su, kao članovi terorističke grupe, nabavili sredstva, te poduzeli druge radnje kojim su stvorili uslove za izvršenje krivičnog djela terorizma.