Sud je takođe konstatovao da uvijek kada je u pitanju zločin protiv čovječnosti i Sud BiH i entitetski sudovi moraju primijenjivati KZ iz 2003. godine (§55 Presude). Takođe, iz odluke suda proizlazi da kada su u pitanju teži oblici ratnih zločina primjena KZ BiH iz 2003 nije protivna Konvenciji.
Sud je istom odlukom proglasio neprihvatljivim navode aplikanta Maktoufa o kršenju člana 6. Konvencije, zbog navodne sumnje u nezavisnost suda, zbog učešća međunarodnih sudija u donošenju odluke. Naprotiv, Sud je istakao da je imenovanje međunarodnih sudija u Sud BiH imalo za cilj jačanje nezavisnosti Odjela za ratne zločine Suda BiH i uspostavljanje povjerenja javnosti u rad pravosuđa.
Evropski sud je nadalje odbio navode oba podnositelja zahtjeva po osnovu člana 14. i člana 1. Protokola 12. koji se odnose na navodnu diskriminaciju zbog činjenice da su podnositelji procesuirani pred Sudom BiH umjesto entitetskim sudovima. Evropski sud našao je da ovakav tretman „nije bio zasnovan na bilo kakvoj ličnoj karakteristici (nacionalna pripadnost, religija ili etničko porijeklo)“ već da je „Sud BiH na osnovu objektivnih i razumnih kriterija u svakom pojedinom slučaju odlučivao o tome da li će sam raspraviti neki predmet ili će ga uputiti entitetskom sudu.“
U dijelu presude u kojem je Sud odlučivao o zahtjevima za naknadu štete, svi zahtjevi aplikanata su odbijeni jer je Sud ocijenio da je sāmo utvrđivanje povrede Konvencije dovoljno zadovoljenje za nematerijalnu štetu koju su podnositelji zahtjeva eventualno pretrpjeli. Država BiH dužna je svakom od podnositelja naknaditi troškove postupka u iznosu od 10 000 EUR.
Današnjom odlukom Suda u Strazburu nisu ukinute pravosnažne odluke Suda BiH u predmetima Maktouf i Damjanović. Takođe, odluka sama po sebi nema uticaja ni na ostale donesene presude pred ovim Sudom. Kao i u svojoj dosadašnjoj praksi, Sud BiH će i u budućim predmetima u svakom konkretnom slučaju cijeniti koji zakon je blaži za počinioca, imajući u vidu okolnosti slučaja. Postupajući na navedeni način, Sud BiH je do danas u ukupno 8 predmeta ratnog zločina primijenio KZ SFRJ.