Presudom drugostepenog vijeća Suda Bosne i Hercegovine od 20. januara 2011. godine optuženi Šefik Alić oglašen je krivim da je počinio krivično djelo ratni zločin protiv ratnih zarobljenika iz člana 175. tačka a) u vezi sa članovima 21., 29., i 180. stav 1. Krivičnog zakona Bosne i Hercegovine i osuđen na kaznu zatvora u trajanju od 10 (deset) godina.
Nakon što je ispitalo žalbene prigovore branioca optuženog Alića, trećestepeno vijeće Suda Bosne i Hercegovine je 14. oktobra 2011. godine donijelo presudu kojom je kao neosnovana odbijena žalba branioca i potvrdilo presudu Suda BiH od 20. januara 2011. godina.
Optuženi je putem branioca protiv navedene pravosnažne trećestepene presude podnio apelaciju Ustavnom sudu Bosne i Hercegovine ukazujući na navodne povrede prava na pravično suđenje iz člana II/3.e) Ustava Bosne i Hercegovine i člana 6. EKLJP, kao i povredu člana 7. stav 1. EKLJP, povredu člana 1. Protokola broj 12 uz EKLJP, te povredu člana II/4. Ustava BiH i člana 14. EKLJP, te konačno i povredu prava na djelotvoran pravni lijek iz člana 13. EKLJP, a u svemu tome nalazeći i povredu prava zagarantiranih odredbama člana II/2. Ustava BiH.
Ustavni sud BiH je na sjednici održanoj 04. jula 2014. godine djelimično usvojio apelaciju osuđenog Šefika Alića i utvrdio povredu prava optuženog iz člana II/2 Ustava Bosne i Hercegovine i člana 7. stav 1. Evropske konvencije, ukinuta je trećestepena presuda Suda Bosne i Hercegovine broj: S1 1 K 006104 11 Kžž od 14. oktobra 2011. godine u dijelu koji se odnosi na primjenu blažeg krivičnog zakona. Istom odlukom odbijena je kao neosnovana apelacija Šefika Alića podnesena protiv iste presude u odnosu na član II/3. e) Ustava Bosne i Hercegovine i član 6. stav 1., 2. i 3. tačka d) Evropske konvencije.