U optužnici se navodi da je za vrijeme rata u Bosni i Hercegovini i u vrijeme oružanog sukoba između Armije BiH i Vojske Republike Srpske na teritoriji općina Rudo, Višegrad i Goražde, u periodu od početka jula 1992. do sredine februara 1993. godine, Ahmet Sejdić, u svojstvu komandanta Prve višegradske brigade Armije BiH, naredio, podstrekavao, pomagao, učinio, dozvolio, omogućio, saglasio se ili na drugi način učestvovao u pripremanju, pomaganju i učinjenju protivzakonitog zatvaranja, preseljenja i raseljenja, namjernog nanošenja snažne tjelesne i duševne boli ili patnje (mučenja) i nečovječnog postupanja prema civilima i ratnim zarobljenicima, te iako je znao ili mogao znati, nije spriječio ili kaznio njemu podređena lica u namjernom nanošenju snažne tjelesne i duševne boli ili patnje i nečovječnom postupanju prema civilima i ratnim zarobljenicima i pljačkanju imovine stanovništva.
