Након окончаног главног претреса у предмету Јован Поповић, вијеће Одјела I за ратне злочине Суда Босне и Херцеговине изрекло је пресуду којом је оптужени Јован Поповић ослобођен оптужбе да је починио кривично дјело злочини против човјечности из члана 172. став 1. тачка х) у вези са тачкама е), к) и г) КЗ БиХ и кривично дјело ратни злочин против цивилног становништва из члана 173. став 1. тачка ф) а све у вези са чланом 29. и 180. КЗ-а БиХ.

Јован Поповић је ослобођен оптужбе да је у периоду  од почетка априла  1992. године до краја децембра 1992. године, за вријеме оружаног сукоба у Републици Босни и Херцеговини, у оквиру широког и систематичног напада  војних, паравојних и полицијских снага тзв. Српске Републике БиХ, усмјереног против цивилног бошњачког становништва и осталог несрпског становништва општине Вишеград, као припадник тих снага, знајући за такав напад и да његове радње чине дио напада, на политичкој, националној, етничкој, културној и вјерској основи, починио прогон цивилног становништва, противзаконитим затварањем, присилним пресељењем становништва, убиствима и другим нечовјечним дјелима сличне природе, која су учињена у намјери наношења велике патње или озбиљне физичке или психичке повреде или нарушавања здравља.