Nikola Kovačević optužen je za krivično djelo zločina protiv čovječnosti iz člana 172. stav 1. Krivičnog zakona Bosne i Hercegovine i to prema sljedećim tačkama:

• Ubistvo
• Zatvaranje ili drugo teško oduzimanje fizičke slobode suprotno osnovnim pravilima međunarodnog prava
• Mučenje
• Progon bilo koje grupe ili kolektiva na političkoj, rasnoj, nacionalnoj, etničkoj, kulturnoj, vjerskoj, polnoj ili drugoj osnovi koja je univerzalno prihvaćena kao nedopustiva prema međunarodnom pravu, u vezi s bilo kojim krivičnim djelom iz ovog stava ovog člana, bilo kojim krivičnim djelom propisanim  ovim zakonom ili bilo kojim krivičnim djelom u nadležnosti Suda Bosne i Hercegovine
• Druga nečovječna djela slične prirode, učinjena u namjeri nanošenja velike patnje ili ozbiljne fizičke ili psihičke povrede ili narušavanja zdravlja.

Glavni pretres u ovom predmetu otvoren je 20. aprila 2006. godine.  Tokom pretresa održano je 22 ročišta sa više od 73 sata pred pretresnim vijećem.