Sud BiH prihvatio je, 21. decembra 2006. godine, prilagođenu optužnicu protiv Paška Ljubičića, koja ga tereti za krivična djela zločina protiv čovječnosti, ratnog zločina protiv civilnog stanovništva i povrede zakona ili običaja rata.

Prema navodima optužnice Paško Ljubičić je od januara do kraja jula 1993. godine učestvovao u sklopu širokog ili sistematskog napada snaga Hrvatskog vijeća obrane (HVO) na bošnjačko civilno stanovništvo u opštinama Vitez i Busovača.  Optužnica dalje navodi da je optuženi od januara do jula 1993. godine vršio dužnost komadanta Četvrte bojne vojne policije, koja je funkcionirala u Operativnoj zoni središnja Bosna (OZSB) HVO-a. On je, navodno, formalno i de facto imao kontrolu nad pripadnicima Vojne policije HVO-a u OZSB. 

Optužnica, između ostalog, navodi da je optuženi naredio pripadnicima Četvrte bojne vojne policije da izvrše napad na civilno bošnjačko stanovništvo u Busovači. Tom  prilikom je, navodno, lišeno života 27 bošnjačkih civila, izvršeno pljačkanje i uništavanje kuća i poslovnih objekata Bošnjaka. Optuženi je navodno i sam učestvovao u ovom napadu.

Optužnica dalje navodi da je optuženi, u jutarnjim satim 16. aprila 1993. godine, učestvovao u planiranju te naređivao pripadnicima Četvrte bojne vojne policije da napadnu sela Ahmiće, Nadioke, Piriće i Šantiće. Ovom prilikom je, navodno, naređeno da se pobije svo vojno sposobno bošnjačko stanovništvo, te da se istjera svo bošnjačko stnovništvo i njihove kuće unište.  Za vrijeme ovog napada ubijeno je oko 100 bošnjačkih civila, svo bošnjačko stanovništvo iz tih sela je protjerano, njihove kuće su uništene, mnogima su nanesene duševne i fizičke povrede, a u selu Ahmići dvije džamije su dignute u vazduh. 
Ovaj predmet je, prema odluci Međunarodnog krivičnog tribunala za bivšu Jugoslaviju, ustupljen na dalje postupanje vlastima BiH.  Optuženi je 22. septembra 2006. godine prebačen na teritoriju BiH. 

Optužnica