Osuđeni Kovać oslobođen je optužbe da je dana, 18. aprila 1993. godine iz zatočeničkog objekta SDK u Vitezu izveo civilnu osobu i istu silovao, čime bi počinio krivično djelo ratni zločin protiv civilnog stanovništva iz člana 173. stav 1. tačka e) u vezi sa članom 180. stav 1. KZ BiH.
Ante Kovać oglašen je krivim što je za vrijeme ratnog stanja u Bosni i Hercegovini i oružanog sukoba između Armije R BiH i HVO-a, tokom aprila i maja mjeseca 1993. godine, na području općine Vitez, u svojstvu komandanta brigadne Vojne policije „Viteške brigade“ HVO-a, počinio protivzakonito zatvaranje i prisiljavanje na prinudan rad, na način da je odobravao njemu podređenim vojnim policajcima i zajedno sa njima vršio nezakonito lišavanje slobode i nezakonito zatvaranje civilnog bošnjačkog stanovništva u prostorije Radničkog univerziteta, Kino sale i u prostorije SDK-a u Vitezu. Zatočeni civili su držani pod stražom u nehumanim uslovima, te su, uz odobrenje osuđenog Kovaća, odvođeni na prisilan rad na mjesta zv. „Kratine“, „Krčevine“ i „Piriće“ gdje su bili izloženi smrtnoj opasnosti.
Dalje, osuđeni Kovać kriv je što je dana, 21. augusta 1993. godine u Vitezu naredio vojnim policajcima da zaustave i privedu pred Zapovjedništvo Vojne policije motorno vozilo sa oznakom Međunarodnog komiteta Crvenog krsta, koje se uputilo iz Starog Viteza prema Zenici, a u kome su se nalazile bolesne civilne osobe bošnjačke nacionalnosti. Civilne osobe su tom prilikom lišene slobode i odvedene u prostorije Radničkog univerziteta – Doma kulture, gdje je nad njima izvršen pretres od strane vojnih policajaca i od njih oduzeti i prisvojeni svi vrijedni predmeti. Nekoliko dana nakon pritvaranja civila, dok se jedna civilna osoba nalazila sama u jednoj kancelariji Doma kulture, osuđeni Ante Kovać je istoj prijetio govoreći joj da nikada neće vidjeti svoju djecu, ispitujući je o njenom mužu i o naoružanju u mjestu Mahala, da bi potom primjenom fizičke sile, te bez njenog pristanka, nad njom izvršio seksualni odnos – silovanje, a nakon toga joj zaprijetio da će je ubiti ako nekome bude govorila da ju je silovao.
Vijeće je, također, donijelo rješenje o produženju pritvora, koji može trajati do upućivanja na izdržavanje kazne.
Sud BiH izrekao je 10. jula 2009. godine prvostepenu presudu u predmetu Ante Kovać, kojom je optuženi Ante Kovać oglašen krivim za krivično djelo ratni zločin protiv civilnog stanovništva. S tim u vezi Sud ga je osudio na kaznu zatvora u trajanju od 13 godina.